Autoritățile responsabile de monitorizarea pericolelor și evaluarea riscurilor de declanșare a urgențelor vor fi centrele de sănătate publică teritoriale. Pentru furnizarea informațiilor în acest sistem de alertă vor fi implicate mai multe instituții subordonate Ministerului Sănătății, MAI, Ministerului Agriculturii și Ministerului Mediului.
Spitalele din țară și laboratoarele medicale vor fi obligate să asigure detectarea și să țină evidența persoanelor care suferă de maladii contagioase. De asemenea, instituțiile medicale vor fi obligate să raporteze centrelor de sănătate publică, în primele 12 ore de la depistare, cazurile suspecte sau cele confirmate prin Sistemul informațional automatizat, prin telefon sau e-mail. Agenția Națională pentru Siguranța Alimentelor, la fel, timp de 12 ore, vor furniza informații despre cazurile de boli comune animalelor și omului.
În cazul unui risc minor sau moderat de afectare a sănătății publice va fi anunțată alerta de cod galben. În cazul unui risc înalt va fi aplicat codul portocaliu, iar cel roșu va fi anunțat atunci când există un risc major, atât la nivel național, cât și la nivel internațional, de transmitere a bolilor contagioase.
În lista bolilor și sindroamelor incluse în sistemul de alertă se regăsesc variola, gripa, poliomielita acută, pesta pulmonară, suspecţia la malarie, la rujeolă, la meningită, dar și boli depistate la animale, cum ar fi rabie, antrax și salmoneloză.